Meyrueis est à la confluence de la Jonte avec la Brèze et le Béthuzon. La commune est située entre les contreforts du mont Aigoual, et le causse Méjean. La ville marque ainsi la frontière entre la zone géographique des grands Causses (causses Noir et Méjean séparés par les gorges de la Jonte) et celle des Cévennes. La commune est à la périphérie du parc national des Cévennes.